Подтверждение одной мутации секвенированием по Сэнгеру в Товарково
Секвенирование по Сэнгеру — подтверждающее исследование после анализа экзома или генома. Его проводят, если по результатам выполненных ранее генетических тестов были выявлены изменения нуклеотидной последовательности. Анализ позволяет проверить, действительно ли пациент выступает носителем обнаруженных изменений в ДНК. Кроме того, метод используется для установления носительства семейных мутаций, выявленных ранее у кого-либо из членов семьи или родственников пациента.
Синонимы и связанные понятия
Chain termination method, Sequencing, Sanger sequencing, генетическая диагностика, капиллярное секвенирование, метод обрыва цепи, прямое автоматическое секвенирование, секвенирование, секвенирование по Сэнгеру
Приём биоматериала
- Можно сдать в отделении Гемотест
- Правила подготовки к анализу
Зачем сдавать этот анализ?
Показания к исследованию:
- подтверждение (валидация) результата проведённых ранее генетических исследований (например, полного секвенирования экзома, полного секвенирования генома, секвенирования отдельных генов, генотипирования на чипе);
- определение статуса носительства мутации: исследование позволяет установить, выступает ли человек носителем той же генетической мутации, которая уже была выявлена у кого-либо из его родственников.
Внимание!
- Секвенирование по Сэнгеру позволяет подтвердить не все возможные мутации в силу ограничений методики. Перед назначением теста рекомендуется связаться с лабораторией и уточнить, применим ли метод для конкретной мутации, которую нужно подтвердить.
- При заказе исследования необходимо предоставить точную информацию о мутации, которую требуется подтвердить (запись варианта с использованием номенклатуры HGVS).
Подробное описание исследования
Что такое секвенирование по Сэнгеру
Метод секвенирования ДНК, или метод обрыва цепи, был разработан английским учёным Фредериком Сэнгером в 1977 году. За своё открытие Сэнгер был удостоен Нобелевской премии по химии.
Секвенирование — это определение последовательности нуклеотидов в составе ДНК (молекулы, несущей генетическую информацию).
Нуклеотидами называют особые молекулы: аденин (A), гуанин (G), цитозин (C) и тимин (T). Они соединяются попарно — аденин с тимином (A — T), а цитозин с гуанином (С — G), — и эти пары многократно повторяются в определённой последовательности, напоминая ступеньки лестницы. Таким образом, цель секвенирования ДНК — выявить, в какой именно последовательности выстраиваются «буквы» A, G, C, T в исследуемой ДНК, или визуализировать «ступеньки».
Для этого Фредерик Сэнгер предложил использовать одну из цепей изучаемой ДНК как матрицу (шаблон). Во время исследования с помощью фермента ДНК-полимеразы для неё синтезируется подходящая вторая цепь нуклеотидов.
При этом реакция синтеза второй цепи ДНК происходит таким образом, что на определённом отрезке она перестаёт синтезироваться — «обрывается». А по тому «обломку» второй цепи, который получается в результате реакции, можно установить последнюю «букву» секвенируемого фрагмента ДНК.
Для чего используется метод секвенирования по Сэнгеру
Метод секвенирования по Сэнгеру позволяет прочитывать последовательности длиной до 1 000 пар нуклеотидов и обычно применяется для анализа небольших участков генома, например одного экзона (участка) гена или фрагмента экзона гена.
Благодаря своей точности, а также относительной простоте и дешевизне исследование считается золотым стандартом для валидации, то есть подтверждения, результатов других генетических тестов, выполненных более сложными и широкоформатными, но имеющими свои ограничения по точности методами (NGS, генотипирование на микрочипах и др.).
Так, если у пациента ранее были обнаружены патогенные генетические мутации, то «координаты» сомнительного участка (выявленной мутации) ДНК уже известны. А значит, возможно прицельно сопоставить ДНК пациента с эталоном и убедиться в корректности результата.
Технология выполнения
Биоматериал
Вен. кровь
Метод исследования
Автоматическое секвенирование по Сэнгеру
Что еще назначают с этим исследованием
Подготовка к исследованию
Специальной подготовки не требуется.
Если за 3 месяца до анализа пациенту делали переливание крови или её продуктов, пересадку костного мозга, а также если он проходил лечение стволовыми клетками, при оформлении заказа об этом следует сообщить.
Противопоказания и ограничения
Метод секвенирования по Сэнгеру имеет ряд ограничений для применения.
Ограничения метода и ситуации, когда анализ не проводится:
- сложные области генома, наличие псевдогенов (нефункционирующих генов). В таком случае необходимо предварительное согласование с лабораторией;
- крупные перестройки ДНК (протяжённые делеции — потеря участка хромосомы; дупликации — удвоение участка хромосомы);
- мутации с экспансией повторов (увеличение количества определённых нуклеотидных повторов в некоторых генах, которое приводит к развитию патологии);
- количественный анализ мозаицизма или степени гетероплазмии мтДНК: ситуации, когда в организме присутствует два и более клона клеток с разными генотипами в ядерном или митохондриальном геноме;
- тканеспецифичный дефект (некоторые мутации можно выявить только в определённой ткани; в случае если для исследования предоставлен образец другой ткани, исследование будет невалидным);
- недостаточная или ошибочная информация о расположении генетического варианта в геноме.
Подготовка к исследованию
Специальной подготовки не требуется.
Если пациент перенёс пересадку костного мозга, проходил лечение стволовыми клетками, а также если в течение последних 3 месяцев ему делали переливание крови, сообщите об этом при оформлении заказа.
Противопоказания и ограничения
Абсолютных противопоказаний нет.