Подтверждение одной мутации секвенированием по Сэнгеру в Гусь-Хрустальном

Зачем сдавать этот анализ?

Секвенирование по Сэнгеру позволяет:

• подтвердить результаты проведённых ранее генетических исследований (например, полного секвенирования экзома, полного секвенирования генома, секвенирования отдельных генов, генотипирования на чипе);
• установить, выступает ли человек носителем той же генетической мутации, которая уже была выявлена у кого-либо из его родственников.

Для выполнения исследования понадобится точная информация о целевой мутации. Принесите медицинские документы в отделение или направьте на электронную почту перед взятием биоматериала. Без сведений о мутации исследование не может быть выполнено.

Подробное описание исследования

Что такое секвенирование по Сэнгеру

Метод секвенирования ДНК, или метод обрыва цепи, был разработан английским учёным Фредериком Сэнгером в 1977 году. За своё открытие Сэнгер был удостоен Нобелевской премии по химии.

Секвенирование — это определение последовательности нуклеотидов в составе ДНК (молекулы, несущей генетическую информацию).

Нуклеотидами называют особые молекулы: аденин (A), гуанин (G), цитозин © и тимин (T). Они соединяются попарно — аденин с тимином (A — T), а цитозин с гуанином (С — G), — и эти пары многократно повторяются в определённой последовательности, напоминая ступеньки лестницы. Таким образом, цель секвенирования ДНК — выявить, в какой именно последовательности выстраиваются «буквы» A, G, C, T в исследуемой ДНК, или визуализировать «ступеньки».

Для этого Фредерик Сэнгер предложил использовать одну из цепей изучаемой ДНК как матрицу (шаблон). Во время исследования с помощью фермента ДНК-полимеразы для неё синтезируется подходящая вторая цепь нуклеотидов.

При этом реакция синтеза второй цепи ДНК происходит таким образом, что на определённом отрезке она перестаёт синтезироваться — «обрывается». А по тому «обломку» второй цепи, который получается в результате реакции, можно установить последнюю «букву» секвенируемого фрагмента ДНК.

Для чего используется метод секвенирования по Сэнгеру

Метод секвенирования по Сэнгеру позволяет прочитывать последовательности длиной до 1 000 пар нуклеотидов и обычно применяется для анализа небольших участков генома, например одного экзона (участка) гена или фрагмента экзона гена.

Благодаря своей точности, а также относительной простоте и дешевизне исследование считается золотым стандартом для валидации, то есть подтверждения, результатов других генетических тестов, выполненных более сложными и широкоформатными, но имеющими свои ограничения по точности методами (NGS, генотипирование на микрочипах и др.).

Так, если у пациента ранее были обнаружены патогенные генетические мутации, то «координаты» сомнительного участка (выявленной мутации) ДНК уже известны. А значит, возможно прицельно сопоставить ДНК пациента с эталоном и убедиться в корректности результата.

Внимание: подготовьте документы!

Для выполнения исследования понадобится точная информация о целевой мутации. Предъявите медицинские документы сотруднику Гемотест перед взятием биоматериала. Без сведений о мутации исследование не может быть выполнено.

Обязательные сведения о мутации:

• название гена (по номенклатуре HGVS);
• транскрипт («рабочая копия» ДНК);
• нуклеотидная и аминокислотная замена (изменения в последовательности аминокислот и ДНК);
• геномные координаты (точное расположение генетического варианта);
• вариант сборки генома (информация о расположении генов, по которым проводилась «сверка»);
• зиготность варианта (гомозиготный, гетерозиготный, гемизиготный).

Выполнение исследования в установленные сроки начинается только после того, как специалист лаборатории проверит предоставленные документы. Если окажется, что информации недостаточно, её можно будет дослать в течение 7 дней после взятия биоматериала.

Примеры корректного описания мутации

Ген GUCY2D, геномная позиция chr17:8004535C>G (по референсному геному GRCh38), замена в кодирующей ДНК c.1759C>G (по транскрипту NM_000180.4), аминокислотная замена p.(Leu587Val), гетерозиготный вариант.

Ген VHL, референсный геном GRCh38, геномная позиция chr3:10146592_10146593del, изменение в кодирующей ДНК NM_000551.4.419_420del, изменение в белке NP_000542.1.(Leu140GlnfsTer3), гетерозиготный вариант.

Ген GAA, геномная позиция chr17:80104929C>T (по референсному геному GRCh38), изменение в кодирующей ДНК NM_000152.5.343C>T, изменение в белке NP_000143.2.(Gln115Ter), гетерозиготный вариант.

Сроки выполнения исследования

Исследование выполняется за 45 календарных дней, которые отсчитываются с момента проверки документов специалистом лаборатории. В отдельных случаях может потребоваться дополнительно до 30 дней. Например, если информация от пациента поступает с опозданием или если требуется повторно изготовить индивидуальные праймеры (короткие фрагменты ДНК, необходимые для проведения анализа).

Что еще назначают с этим исследованием