Полное секвенирование экзома: особенности выполнения исследования при отсутствии клинических данных пациента
Лаборатория Гемотест выполнила для ребёнка исследование GNP236 «Полное секвенирование экзома без выдачи вторичных находок».
Это исследование позволяет расшифровать экзом — все гены (нуклеотидные последовательности), кодирующие белки. Как правило, оно назначается для уточнения диагноза или поиска оптимальной тактики лечения.
Получив сиквенс (сырые данные), врач-биоинформатик расшифровывает их и сравнивает экзом пациента с референсным экзомом, чтобы найти генетические варианты, которые могли спровоцировать имеющееся заболевание или повлиять на его течение. Для повышения эффективности данной работы перед проведением полноэкзомного секвенирования пациентам рекомендуется предоставить направление от врача или выписку из истории болезни с информацией о диагнозе и ранее выполненных инструментальных и лабораторных исследованиях.
Эта информация позволяет врачу-биоинформатику сфокусироваться на наиболее значимых для конкретного пациента фрагментах экзома и выявить все потенциально опасные (патогенные, вероятно патогенные) генетические варианты или генетические варианты с неизвестным клиническим значением.
Представители пациента предоставили в Лабораторию Гемотест неполный объём клинических данных.
В ходе исследования врач-биоинформатик выявил более 850 тыс. генетических вариантов — отличий экзома пациента от референсного экзома. Подобные отличия встречаются в экзоме любого человека и могут никак не влиять на его жизнь и здоровье.
Гемотест выполняет полноэкзомное секвенирование с применением передовой технологии NGS и надёжного оборудования от одного из лидеров рынка генетических технологий Illumina, Inc. Благодаря этому точность прочтения ДНК составляет 99,98%. Средняя глубина покрытия нуклеотидов ≥ X70, доля фрагментов ДНК, покрытых более 10 раз, — не менее 90%. Это значит, что каждый экзон гена прочитывается в ходе исследования в среднем 70 раз. Благодаря усовершенствованной пробоподготовке, приводящей к качественным прочтениям и равномерному покрытию, процент покрытия целевых участков экзома достигает ≥ 96%.
Согласно общепринятым международным и российским рекомендациям, в заключение по результатам полноэкзомного секвенирования принято выносить только те варианты, которые могут быть связаны с предоставленными пациентом клиническими данными и результатами обследований. У этого пациента таких вариантов в ходе исследования обнаружено не было.
Впоследствии пациент заказал анализ полученного в Гемотесте сиквенса в сторонней лаборатории. При этом представители пациента предоставили исполнителю исследования более обширный массив данных из истории болезни и подробную информацию о ранее проведённых исследованиях. Руководствуясь новыми данными, представители сторонней лаборатории нашли в экзоме пациента варианты с неизвестным клиническим значением.
Выводы
Предоставление максимально полной медицинской информации (выписки из истории болезни о диагнозе и предшествующих обследованиях) перед проведением высокотехнологичных генетических исследований, таких как полноэкзомное секвенирование, позволяет получить адекватную и полную интерпретацию результата.
